Bioinformatique

Bioinformatique

Plusieurs membres de l’équipe mettent en œuvre des compétences en phylogénétique, analyse de données de séquençage haut débit, biostatistiques ; nous bénéficions des outils mis à disposition par la plateforme bioinformatique “Plante-Santé” de l’IRD.

Le logiciel COUSIN (COdon Usage Similarity Index) en développement dans l’équipe permet de mesurer le biais d’usage des codons en combinant les méthodes traditionnelles CAI (séquence d’intérêt comparée à une jeu de séquences de référence) et ENC (tests sous l’hypothèse nulle selon laquelle il n’existe pas de biais).