Thématique
Notre équipe s’intéresse à l’évolution et à la diversité des styles de vie des virus.
Les virus sont un condensé du parasitisme. Le cycle de vie viral alterne entre une entité inactive métaboliquement mais responsable de la transmission : le virion ; et une entité métaboliquement active, responsable de la réplication, transcription, et traduction du génome, et la génération de virions : le virocell. Un virus infecte un hôte cellulaire de façon à former un virocell. Depuis les origines de la vie cellulaire, les interactions entre virus et hôtes ont généré une énorme diversité de styles de vie virale : infection aigue à chronique, latente ou silencieuse ; de bénigne ou asymptomatique à létale ; de légèrement à extrêmement productive. Les travaux de notre équipe ont pour but de comprendre l’origine et l’évolution de la diversité des styles de vie des virus, par des approches bio-informatiques et expérimentales.
Qu’est-ce que le biais d’usage des codons ? A chaque acide aminé correspond un nombre variable de codons dits synonymes. Cependant, cette synonymie ne signifie pas que l’usage d’un codon plutôt qu’un autre est sans conséquence sur la biologie de chaque organisme. En effet, les codons synonymes ne sont pas « choisis » au hasard et chaque espèce a ses préférences d’usage de codons, qui peut même varier d’un gène à l’autre ou à l’intérieur du même génome.
L’usage des codons chez les virus humains, modulé par la sélection et/ou les mutations, est généralement peu adapté à l’homme. Cela a un impact sur la traduction des protéines, c’est-à-dire sur la nature des protéines produites et leur quantité, à cause du ratio différentiel entre les codons utilisés et les ARNt disponibles dans la cellule au moment de la traduction, et ainsi des échecs de traduction et erreurs potentiellement commises par les ribosomes rencontrant un codon « inattendu ». Les conséquences sont importantes pour les virus, puisqu’ils dépendent intégralement de la machinerie de l’hôte pour produire les protéines virales.
Les papillomavirus, modèles d’étude de l’équipe, infectent un large spectre d’hôtes, des poissons jusqu’aux mammifères placentaires. Parmi les 250 génotypes de papillomairus humains (HPV) décrits à ce jour, la plupart réalisent des infections asymptomatiques tandis que certains sont associés à une grande diversité de manifestations, depuis les lésions cutanées bénignes jusqu’aux cancers ; en effet, l’infection chronique par certains HPVs est responsable de 5% des cancers humains à travers le monde.
Les HPV sont un bon modèle pour essayer de comprendre les mécanismes d’adaptation du génome viral à l’hôte. Nous nous intéressons aux effets de ce processus évolutif sur la traduction, aux conséquences au niveau moléculaire et cellulaire, et notamment à son impact sur les processus oncogéniques. En perspective, nous nous intéressons à l’impact différentiel des cancers liés aux infections en fonction du développement socioéconomique.
Nous sommes basés à Montpellier et appartenons au département SEE (Santé Ecologie Evolution) du laboratoire MIVEGEC (maladies Infectieuses et Vecteurs: Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle), unité mixte de l’IRD (Institut de Recherche pour le développement), du CNRS et de l’Université de Montpellier.