Les codons synonymes ne sont pas utilisés au hasard et ne sont pas tous traduits avec la même efficacité.
Une large proportion de virus infectant l’homme, en particulier ceux causant des infections chroniques, présentent une mauvaise adaptation aux préférences d’usage des codons de leur hôte. Cette observation est bien un paradoxe, puisque les gènes viraux dépendent complètement de la machinerie de traduction humaine pour la synthèse protéique.